Святейший патриарх Московский и всея Руси Иоаким. Из книги «Титулярник» 1672 г.
В. Г. Перов. Никита Пустосвят. Спор о вере.
Выборные отправились к Троице и с ужасом поминутно встречались на дороге с разными людьми, созванными для укрощения стрельцов. Явившись перед Софьей, выбранные пали ниц, во всем повинились! Царевна, проговоривши им приличное нравоучение, сказала, чтобы немедленно все полки надворной пехоты (стрельцов) подали повинную челобитную за общим рукоприкладством. Выборные воротились в Москву с этим приказанием. При участии патриарха, стрельцы составили требуемую челобитную, обещались вперед не самовольствовать и не мешаться в чужие дела. Софья объявила им, что если кто вперед станет хвалить прежние дела стрельцов, тот будет казнен смертью; тому же подвергается и всякий, кто будет слышать о таких похвалах и не донесет. Сами стрельцы, конечно по внушению Софьи, били челом о том, чтобы сломать столп, поставленный в оправдание их злодеяний. Софья с царским семейством вступила в Москву. Новоприбывшие служилые люди заняли все караулы в Кремле.
С этих пор Софья именем двух царей беспрекословно семь лет управляла государством.
А. Олеарий. Царицын. Гравюра
Из внешних дел правления Софьи самым важным событием было заключение в 1680 году с Польшею мира, прекратившего долговременную тяжелую распрю за Малороссию. Как следствие этого мира был поход в Крым Василия Васильевича Голицына, погубивший гетмана Самойловича. Через два года был предпринят другой поход, к которому, так же как и к первому, склонили Россию Австрия и Польша. Кроме того, бывший константинопольский патриарх Дионисий, низложенный турецким правительством за расположение к России, убеждал русских воспользоваться удобным случаем для освобождения христиан от турецкого ига, потому что между самыми турками тогда происходили междоусобия (султан Магомет IV был низвержен войском, и на его место посажен брат его Сулиман II), а австрийцы и венецианцы одерживали верх над турками. Молдавский господарь Щербан со своей стороны убеждал московское правительство послать войско на турок и уверял, что все христиане, находящиеся под турецкой властью, восстанут при появлении русского войска. При таких блестящих надеждах московское правительство двинуло весной 1689 года 112 000 войска на Крым, с которым было до 350 пушек. Начальство взял на себя любимец Софьи Голицын. К нему примкнул малороссийский гетман Мазепа со своими казаками. Русское войско прошло через степь, одержало верх в битве с ханом и дошло до Перекопа. Но Голицын не решился перейти на полуостров. Его испугал недостаток воды, особенно чувствительный при сильном майском зное. Остановившись под Перекопом, Голицын завел переговоры с ханом и, не дождавшись их окончания, поспешно отступил, убегая от преследовавших его татар.
Этот неудачный поход совершенно уронил Голицына. На него стали смотреть как на неспособного труса, но Софья силилась представить и этот поход геройским делом. Не только сам Голицын получил в награду вотчину, 300 рублей денежной прибавки к жалованью и разные подарки, но и все участники похода были щедро награждены. Софья до слепой страсти была предана этому человеку. Оба царя пришли в совершенный возраст. Иван Алексеевич еще в 1684 году сочетался браком с Прасковьей, дочерью боярина Федора Борисовича Салтыкова. По своему малоумию он не угрожал Софье потерей власти. Но вот и Петр достиг шестнадцати лет, окружил себя «потешными» – молодежью, собранной вначале из товарищей детских игр царя, а потом из охотников разного звания. Петр проводил с ними время в воинских упражнениях, строил земляные крепости и брал их, а в 1688 году, увидя однажды старое заброшенное судно, получил страстное желание строить суда, плавать по морю и начал свои первые опыты на Переяславском озере. Царица Наталья, страшась козней Софьи, боялась отлучек сына и его горячности, а потому поспешила его женить. 27 января 1689 года Петр сочетался браком с Евдокией Федоровной Лопухиной, дочерью окольничьего. Событие было важное и даже можно сказать роковое для Софьи, так как по русским понятиям женатый человек считался совершеннолетним и Петр в глазах своего народа получил полное нравственное право избавить себя от опеки сестры.
Еще ранее этого времени в 1687 году Софья, предупреждая ожидаемую опасность со стороны Петра, затевала венчаться царским венцом. Для этого ей нужна была опора стрельцов. Шакловитый, преданный ей всей душой, подготовил челобитную как будто от всех чинов Московского государства и начал склонять стрельцов содействовать своему плану. Вместе с тем он чернил перед ними царицу Наталью и Нарышкиных, уверял, что они имеют злые умыслы на Софью, при этом делал намеки на возможность избиения Нарышкиных и даже на убийство самого Петра; козни его не удавались: нашлось только всего пять человек, готовых на какое угодно смелое дело. Мысль о венчании на царство Софьи была оставлена. В 1689 году, июля 8, был крестный ход в Казанский собор. Софья прежде всегда участвовала в подобных крестных ходах, вместе с обоими царями, как правительница государства. Петр на этот раз послал ей сказать, чтобы она не ходила: это имело такой смысл, что Петр уже не считал ее правительницей, Софья не послушалась и пошла за крестами, а Петр через то сам не пошел в крестный ход и уехал из Москвы.