Дума, состоявшая, как кажется, из служилых людей, собралась 4 мая 1584 года и признала царем Федора. Русские люди, как выражались в то время, со слезами молили его сесть на Московское государство. Ход этой думы нам неизвестен. На празднике Вознесения новый царь венчался царским венцом.
Царствовал Федор, но он не мог властвовать – властвовать могли за него другие.
Царь Федор находился под влиянием своей жены, а Борис был постоянно дружен с ней, поэтому стоял ближе всех к царю, и никто не в силах был оттеснить его.
Полтора года Годунов уживался со своими товарищами, однако уже захватил в свои руки управление всеми делами, так что иностранцы обращались, минуя этих товарищей, к нему как к единому правителю государства. В то время Годунов начал свое любимое дело – постройку городов, чем отличался в продолжение всей своей жизни, справедливо сознавая пользу этой меры для государства. Таким образом, для укрощения черемисов Борис приказал строить по берегам Волги Цивильск, Уржум, Царево-Кокшайск, Царево-Санчурск, а ниже по течению Волги – Саратов, Переволоку, Царицын. Астрахань была обведена каменной стеной. На севере в 1584 году построили Архангельск, ставший тотчас же важнейшим торговым пунктом. В самой Москве в 1586 году была сооружена каменная стена Белого города. На юге в 1586 году были построены Ливны, возобновлены Курск и Воронеж. От города до города устраивались станицы, зазывались жители для поселения на привольных, но пустых местах. Таким образом вызывались для поселения черкасы (малороссияне), которые поступали в число украинных служилых людей, отправляли сторожевую станичную службу, получая за это поместья и жалованье деньгами, сукнами и хлебом. Им посылали также свинец и селитру.
Борис был милостив к тем, кто был с ним заодно, и в то время особенно приблизил к себе двух братьев Щелкаловых, из которых Андрей служил посольским, а Василий – разрядным дьяком. Но Борис не допускал долгое время спокойно проживать тем, в ком видел себе соперников и недоброжелателей. Ему, как говорят, донесли, будто Иван Мстиславский по наущению других хочет зазвать Бориса на пир и предать его в руки убийц. Трудно решить: действительно ли было так на самом деле или же обвинение было выдумано. Борис именем царя приказал сослать Мстиславского в Кирилло-Белозерский монастырь и постричь. Затем схватили Воротынских, Головиных, Колычевых и отправили в ссылку по разным местам. Один из Головиных, Михаил, успел убежать в Литву, подстрекал Батория идти на Москву, уверяя, что Бориса все не терпят и не станут защищать существующего правительства. Баторий давно только и думал о том, как бы снова начать войну; он поверил рассказам беглеца. Но Борис, вовремя узнав об этом, отправил в Польшу послов Троекурова и Безнина, которые разгласили, что Головин вовсе не беглец, что он нарочно подосланный московскими боярами лазутчик и умышленно пытается вовлечь Батория в войну: они говорили, что Московское государство имеет теперь достаточно силы дать отпор Польше. Хитрость эта удалась не столько потому, что поверили словам московских послов, сколько потому, что поляки тем или другим способом, но всеми силами старались отклонить своего короля от всяких воинских предприятий. Польский сенат продолжил с московскими послами перемирие еще на два года и отправил в Москву знакомого там Михаила Гарабурду с предложением, показавшимся странным для русских: заключить договор, по которому бы в случае, если умрет прежде Баторий, возвести на польско-литовский престол Федора, и наоборот, если Федор умрет прежде бездетным, то ему преемником будет Баторий. Бояре отвечали, что им не годится рассуждать о кончине живого государя; дело окончилось ничем, но оно представляется важным, потому что послужило началом подобных сношений после кончины Батория.
Расправившись со Мстиславским, Годунов дожидался случая разделаться с Шуйскими. Им были преданы многие из московских торговых людей; ожидая от Бориса чего-нибудь враждебного к Шуйским, они заранее кричали, что побьют Годунова камнями, если он тронет кого-либо из этого рода. Митрополит Дионисий пытался примирить и сдружить между собой Годунова и Ивана Петровича Шуйского; он пригласил их к себе. Внешне они помирились. Когда Шуйский сказал об этом купцам, стоявшим толпой на площади, двое из них выразились так: «Помирились вы нашими головами, и нам и вам от Бориса пропасть». Оба купца в ту же ночь исчезли неизвестно куда. Тогда Шуйские сообразили, что погибнут, если не опередят Годунова и не погубят его самого; они в сговоре с митрополитом зазвали к себе гостей, купцов, некоторых служилых людей и уговорили их подписать царю челобитную, чтобы царь, как бы по просьбе всего русского народа, развелся с бесплодной Ириной и выбрал себе другую жену, чтобы иметь наследника. Заговорщики предполагали женить царя на княжне Мстиславской, дочери насильно постриженного боярина князя Мстиславского. Но прежде чем успели подать царю такую челобитную, Борис через своих лазутчиков узнал обо всем; вместо того чтобы гневаться, он кротко обратился к митрополиту и объяснил ему, что развод есть беззаконное дело, притом и бесполезное; Федор и Ирина еще молоды и могут иметь детей, а если бы их и не было, то у Федора есть брат Дмитрий. Митрополит послушался этого совета и стал уговаривать Шуйских оставить свое намерение. Годунов обещал не мстить за него никому. Спустя некоторое время холопы Шуйских Федор Старов с товарищами подали донос, будто существует заговор против государя, которым руководят Шуйские. По доносу Старова взяли под стражу Ивана Петровича и Андрея Ивановича Шуйских, князя Василия Скопина-Шуйского, разных их друзей, князей Татевых, Урусовых, Быковых, Колычевых и множество гостей и купцов. Происходили пытки и допросы. В результате князей Ивана Петровича и Андрея Ивановича Шуйских сначала приговорили только удалить в их вотчины, но когда они туда приехали, их схватили, увезли одного на Белоозеро, другого в Каргополь, где удавили. Прочих знатных людей разослали в ссылку по городам, а Федору Нагому и шестерым его товарищам отрубили головы. Княжну Мстиславскую, за то что ее хотели посадить царицей вместо Ирины, насильно постригли в монахини; наконец, Годунов не простил и митрополита, приказав сослать его в Хутынский монастырь; такая же участь постигла крутицкого архиепископа Варлаама за то, что он настраивал царя против Бориса. Вместо Дионисия посадили на митрополию ростовского архиепископа Иова, во всем покорного Борису и ради сохранения своего положения готового угождать во всем земной власти.